Удаление начисленной зарплаты у сотрудника проводится в два этапа:

• удаление начисления зарплаты 
• удаление выплаты начисленной зарплаты.

Чтобы удалить и начисление, и выплату вам необходимо перейти в счет сотрудника:

В первую очередь удалите операцию "Зачисление зарплаты", а затем операцию "Выплата зарплаты"

После удаления вы будете иметь возможность заново расчитать сотруднику зарплату за период, зачислить на счет и выплатить на странице пункта меню Бухгалтерия - выплата зарплаты.