Проще всего будет, если сделать операцию перевода с безналичного счета на какой-то другой счет. Т.к. операция инкассации, по сути, это перевод средств с одного счета (но счета филиала) на другой. Перевод можно сделать в меню Бухгалтерия -Приходы/ расходы/ переводы - Добавить операцию. Это подходит, если средства должны остаться в системе.

            Если  же нужно вывести средства из системы, то создать статью расходов для того безналичного счета (Бухгалтерия - Статьи расходов) и по этой статье расходов вывести средства.

Детальная информация по операции инкассации по ссылке.